进入游戏，照例先是大木博士给介绍口袋妖怪的世界，然后是创建人物和劲敌(以下以“小茂”称呼)，这些大家都非常熟悉了。创建完成后正式开始游戏。
下楼和妈妈对话，然后出门直奔上面的草丛。在快进入草丛时大木博士出现了，把主角带到了他的研究所，然后让我们从右面桌子上的三个精灵球中选择一个作为初始的怪兽。从左到右依次是：妙蛙种子，杰尼龟，小火龙。主角选完之后，博士的孙子小茂也会紧接着选择一个属性克制主角的怪兽。
拿完怪兽之后正准备出去，没想到小茂从身后追上来要求对战。也没什么别的招数，一直使用撞击就能结束战斗(胜负无所谓)。战斗之后主角可以回去和妈妈对话回复一下体力，然后往上走到1号道路。
穿过1号道路来到常磐市，往上的路有个老头挡着过不去，去商店(蓝色屋顶的建筑)和店员对话，她会叫主角把一个包裹给大木博士。
于是回到真新镇，将包裹交给大木博士，之后他会给主角5个精灵球和怪兽图鉴。接下来去研究所上面的博士家，小茂的姐姐会给主角城镇地图。
再次来到常磐市，和刚才挡路的老**对话，他会教主角如何抓怪兽并给了一台教学电视机。这时如果往左走进入22号道路的话会遇见小茂，有一场战斗。去右面的道馆发现没有开门，于是继续往上走进入常磐森林。
常磐森林里都是虫系的怪兽和训练师，偶尔会遇见皮卡丘。穿过森林后再往上走就到达了尼比市。